3x01 No Man's Land

Sheppard egyedül próbálja a Föld felé tartó lidérc kaptárokat megállítani, késõbb a Daedalus és az Orion siet segítségére. Ezalatt Dr. Weirnek a Földön kell felelõsséget vállalnia Atlantisz vezetése során hozott döntéseiért.

3x02 Misbegotten

Az atlantiszi csapatnak el kell döntenie, hogy mit kezdjenek az emberré átalakított lidércekkel. Dr. Weir-t Woolsey kíséri vissza Atlantiszra, aki az IOA-nek készít riportot a városban hozott döntésekrõl.

3x03 Irresistible

A város életét felforgatja egy Lucius Luvin nevû férfi, akit csodálnak az emberei és hamarosan az egész expedíciót megbolondítja.

3x04 Sateda

A csapat egy olyan világra látogat, amely a Dex hosszú menekülése miatt a lidércek áldozatává vált.

3x05 Progeny

A hihetetlen technológiai szinten álló Asura fajról kiderül, hogy hajdanán Atlantisz lakói voltak és egyáltalán nem békében váltak el az Õsöktõl.

3x06 The Real World

Dr. Weir egy súlyos veszteség okozta sokk után egy Washington melletti szanatóriumban ébred, ahol újra kell gondolnia az elmúlt két évét.

3x07 Common Ground

Sheppard fogságba esik és egy Genii vezetõ cellájában találja magát, ahol megismerkedik egy kaptárjától elszakadt különleges lidérc katonával.

3x08 McKay And Mrs. Miller

Egy új tudományos felfedezés reményében Samantha Carter alezredes Atlantiszra viszi Dr. McKay húgát, aki évekkel ezelõtt feladta tudományos karrierjét, hogy családot alapíthasson.

3x09 Phantoms

Sheppard és társai egy másik Atlantisz csapat megmentésére indulnak, de emiatt õk is csapdába esnek. Nem sokkal ezután lidércek támadnak rájuk, akiknek a technológiája egyre nagyobb hatást gyakorol Sheppardék viselkedésére.

3x10 The Return I.

Az új McKay-Carter Intergalaktikus Kapuhíd kipróbálása közben a Daedalus felveszi a kapcsolatot egy Õs ûrhajóval két galaxis között, amelynek legénysége újból birtokba veszi a várost és ezért az expedíció tagjainak vissza kell térnie a Földre.

3x11 The Return II.

A parancs ellenére Sheppardék visszamennek Atlantiszra, hogy az ott ragadt O'Neillt és Woolseyt kimenekíthessék.

3x12 Echoes

Sokan szellemszerû alakokat kezdenek el látni, miközben néhány bálna megjelenik Atlantisz mellett. Bár a kapcsolat homályos, a bálnákat tanulmányozva McKay rájön, hogy egy szörnyû katasztrófa van készülõben.

3x13 Irresponsible

Sheppardék újra találkoznak Lucius Luvinnal, aki egy õsi technológiát felhasználva megment egy falut, amelynek lakossága ezért hõsként kezdi el ünnepelni. A hírek eljutnak Acastus Kolyához is, aki elhatározza, hogy végleg leszámol az alezredessel.

3x14 Tao Of Rodney

McKay egy Õs szerkezet hatása alá kerül, ami az életét veszélyezteti, ha nem tanul meg felemelkedni.

3x15 The Game

A csapat rádöbben, hogy egy atlantiszi számítógépes játékban szereplõ két civiziláció a valóságban is létezik és nekik köszönhetõen háborúra készülnek egymás ellen.

3x16 The Ark

Egy idegen civilizáció módosított lidérc eszközben vészelte át az elmúlt évszázadokat, de a holdjukba rejtett ûrbázisuk a pusztulás szélére kerül az atlantiszi felderítõk megérkezése után.

3x17 Sunday

Dr. Weir általános pihenõnapot rendel el az expedíció tagjainak, de minden hamarosan rémálommá változik, amikor a városban váratlanul felrobban egy bomba. Az epizód egy fájdalmas meglepetést tartogat...

3x18 Submersion

Az expedíció egy Õs épületre bukkan az Atlantiszt körülvevõ óceán mélyén.

3x19 Vengeance

Sheppard csapatának ki kell derítenie, hogy mi történt a Taranis bolygó lakosságával, akikkel nemrég megszakadt a kapcsolatuk. A helyzetük bonyolódik, mikor egy föld alatti bázist találnak, ahol egy régi ellenségük szövögeti terveit.

3x20 First Strike

Abe Ellis ezredes, az Apollo nevû új földi csatahajó kapitánya azt a parancsot kapja, hogy vezényeljen le egy támadást az emberformájú replikátorok ellen, akik a bolygójukon ûrhajókat kezdtek el építeni, hogy elpusztítsák Atlantiszt és a Földet.