2x01 The Siege III. (Az ostrom III.)

A város megsegítésére megérkezik a Daedalus nevû csatahajó, amelynek segítségével megelõzõ támadásra indulnak Atlantisz védõi. Közben Ford egy bizarr átalakuláson megy át, mely alapvetõen megváltoztatja az expedíció tagjaihoz fûzõdõ kapcsolatát.

2x02 The Intruder (A betolakodó)

A csapat visszafelé tart a Földrõl Atlantisz felé, amikor a hajójuk irányíthatatlanná kezd válni.

2x03 Runner (Az üldözött)

Az egyik kutatócsapat Ford nyomaira bukkan, akit egykori társai próbálnak megnyugtatni és hazahívni. Fogságba ejti õket azonban egy Ronan Dex nevû férfi, aki ugyanezen a bolygón rejtõzködött el.

2x04 Duet (Duett)

Egy lidérc támadás után McKay nem teljesen önmaga, mert a testét meg kell osztania egy kollegájával. A furcsa viselkedése miatt bolondnak tartják.

2x05 Condemned (Elítélve)

Sheppardék egy vad civilizáció elõl menekülve egy fejlett városba jutnak, amelyrõl kiderül, hogy politikai tárgyalásokat folytat a lidércekkel.

2x06 Trinity (Szentháromság)

McKay megpróbál tökéletesíteni egy olyan Õs energiatermelõ technológiát, mely hamarosan nem várt fordulatot vesz. Teyla és Ronan egy Belkan nevû kereskedõcsoportot látogat meg, ahol megtudják, hogy a férfi világának vannak túlélõi és közöttük van egykori mestere is.

2x07 Instinct (Ösztön)

A csapat egy elzárt világ lakóinak kérésére lidérc utáni hajtóvadászatba kezd. Megdöbbenve veszik tudomásul, hogy egy fiatal lidérc lány együtt él egy apjának tartott emberrel, aki a speciális fõzetének köszönhetõen mesterségesen el tudja nyomni az éhséget. Dr. Beckett megpróbálja a kivonat titkát felfedni.

2x08 Conversion (Átváltozás)

Dr. Beckett retrovírusa miatt Sheppard egy furcsa átalakuláson megy keresztül.

2x09 Aurora (Aurora)

Lefagyasztott Õsöket találnak Sheppardék, akikkel megpróbálják felvenni a kapcsolatot.

2x10 The Lost Boys (Az elveszett fiúk)

Ford egy különleges csoport vezetõjeként visszatér, hogy egy kaptárhajó elleni támadáshoz segítséget kérjen Atlantisztól.

2x11 The Hive (A kaptár)

Sheppard fogságba esik a lidérc hajóban, miután Ford terve nem úgy sül el, ahogy szerették volna.

2x12 Epiphany (Megvilágosodás)

Sheppard idõtorzulás miatt közel egy évig magára marad egy olyan bolygón, amelynek lakói Õsök.

2x13 Critical Mass (Kritikus tömeg)

A várost megtámadja egy Goa’uld, aki egy bombát helyez el az egyik épületben.

2x14 Grace Under Pressure (A tenger mélyén)

McKay a tenger mélyén találja magát egy ugróban, ahol Sam Carter érkezik a segítségére.

2x15 The Tower (A torony)

Az egyik civilizáció egy fejlett Õs szerkezetnek köszönhetõen sértetlenül vészelte át az elmúlt évszázadokat, de az uralkodói házban kitört viszályban Sheppard csapatának kellene döntést hoznia.

2x16 The Long Goodbye (Hosszú búcsú)

Weir és Sheppard fenyegetést jelentenek a városra, amikor egy idegen életforma veszi át testük felett az irányítást.

2x17 Coup d'Etat (Puccs)

A Genii újra felbukkan és zsarolással jármûveket akarnak szerezni egy nagyszabású lidérc elleni akcióhoz.

2x18 Michael (Michael)

Michael Kenmore hadnagy egy küldetést követõen amnéziában szenved. A felépülését elõsegítõ terápiában a város vezetése személyesen vesz részt.

2x19 Inferno (Pokol)

A csapat egy olyan világba látogat, amely éppen megsemmisül egy vulkán miatt.

2x20 Allies (Szövetségesek)

Michael és egy lidérc királynõ meglepõ ajánlatot tesz a város vezetésének, ha segítenek emberekké alakítani ellenfeleiket Dr. Beckett retrovírusával.