A Csillagkapu sorozat elején Daniel Jackson életét megváltoztatja, amikor feleségét és sógorát elrabolják és goa’uld gazdatestté változtatják. Daniel csatlakozik a CSK-1-hez, hogy visszaszerezze feleségét, Sha're-t. Danielnek sikerül újra együtt lennie vele a 2. évad Szigorúan titkos című részében, ám ekkor Sha're agyát és testét egy Amonet nevű goa'uld birtokolja. Felesége csak rövid időre tudja ideiglenesen irányítani saját testét, mialatt Shifu-val, a Harcesis fiúval terhes. Nemsokkal azután, hogy a 3. évadban, az Egy örökké tartó nap című részben Teal’c megöli Sha're-t, Sha're információkat juttat el Danielnek, hogy hol találhatja gyermekét, megerősíti iránta érzett szerelmét, és kéri, hogy bocsásson meg Teal'cnek. Daniel ezek után is a csapat tagja marad, és később megmenti Skaara-t a goa'uld Kloreltől ugyanezen évad Színlelés című részében. Az évad végén az Anyai ösztönben sikerül megtalálnia a Harcesist egy másik bolygón, és Oma Desala fegyülete alatt hagyja őt, aki hatalmas erő és bölcsesség tulajdonosa. A CSK-1 a 4. évadban találkozik ismét a már felnőtt Shifuval (Teljhatalom). Az 5. évad utolsó előtti részében (Meridián) Danielt halálos mennyiségű radioaktív sugárzás érzi a Kelowna nevű bolygón, miközben egy naquadriah reaktort próbált rendbehozni. Oma Desala vezette Danielt, hogy felemelkedhessen a létezés egy magasabb síkjára. Ezután a 6. évadban Jonas Quinn, a kelownai tudós vette át Jackson helyét a CSK-1-ben, bár a csapat többi tagja nehezen fogadta el Daniel hiányát. A felemelkedett Daniel néhányszor meglátogatta O'Neillt és Teal'cet krízishelyzetekben, de a felemelkedett lények szabályai tiltották, hogy beavatkozzon. Az évad záró részében (A kör bezárul) Daniel próbált segíteni a CSK-1-nek Anubis terveinek meghiúsításában, mielőtt azonban tehetett volna valamit, letaszították. Oma azonban segített annyiban, hogy Abydos egész népességét felemelte, mielőtt Anubis elpusztította volna a bolygót. A 7. évad nyitó epizódjában (A bukott angyal) a Vis Uban nevű bolygón találtak rá Danielre meztelenül és emlékezetének elvesztésével. Egy epizóddal később pedig újra csatlakozott a CSK-1-hez, Jonas ekkor visszatért saját népéhez. Ezután az évad nagy részét azzal töltötte, hogy próbált hozzáférni felemelkedett időszakának emlékeihez, hogy megtalálja az Ősök elveszett városát. Így találták meg az Ősök antarktiszi bázisát az évad utolsó részében, Az elveszett város című részben, mely hozzájárult a Csillagkapu: Atlantisz sorozat létrejöttéhez. A 8. évad A megszabadított Prométheusz című részében Daniel találkozik Vala Mal Dorannal, aki vele együtt megkaparintotta a Prométheuszt. Bár Danielnek sikerült kikerülnie Vala szexuális támadásait és meghiúsítania terveit, a nő végül megszökött. A 8. évad Leszámolás című részében RepliCarter keze által ismét meghalt, Oma pedig újra a felemelkedéshez segítette őt a következő, az Elvarratlan szálak című részben. Danielt az epizód végén ismét a Földre taszították meztelenül, ám ezúttal teljes emlékezete megmaradt a korábban történtekről. A 9. évad nyitó epizódjában (Avalon) Vala felkeresi Danielt a Csillagkapu Parancsnokságon és megakadályozza, hogy Atlantiszra menjen. Az Ősök egy kommunikációs berendezése transzportálja agyukat egy távoli galaxisban lévő faluba, ahol kapcsolatba kerülnek az Ori-jal. Sikerült mindkettőjüknek biztonságban visszatérni a Földre, de akaratlanul is már a Tejútra irányították az Ori figyelmét. Miután Valát véletlenül az Ori galaxisba transzportálják a Hídfőállás című részben, Daniel egy Ori űrhajón találkozott vele újra a 10. évad Hús és vér című részében. Sikeres szökésük után Daniel felszólal amellett, hogy Vala a CSKP-hoz csatlakozhasson. A küldetés című részben Merlin, az Ős tudásával Daniel megépítette Sangraal-t. Vala gyorsan felnőtté vált lánya elkapta Danielt és Ori pappá változtatta A lepel című epizódban, hogy a Földet is az Eredet útjára terelje, de az epizód végére Daniel újra önmaga lett. A Vég nélkül című sorozatzáró részben a CSK-1 egy időtorzító mező fogságába került az Odüsszeia földi űrhajó fedélzetén, Vala és Daniel románca megvalósult. Ötven év után sikerült az időtorzító mezőt megsemmisíteni, de mielőtt az összes az idő fogságában töltött emléküket elveszítették volna, Daniel és Vala bevallották egymás iránti érzelmeiket.

Daniel: